选择认证机构是制造商面临的极其关键的问题之一。为了能够有效地工作应和认证机构建立长期和密切的联系。应对非常慎重地选择“伙伴”所花费的时间和财力应被认为是一项公司未来的投资。
一般未说，制造商在选择认证机构的时候，应考虑下列因素：
——医疗器械认证方面的经验；
——所熟悉的医疗器械的范围；
——拥有的专业特长，如电磁兼容、软件等；
——与一些委托方的关系及委托方的资格；
——被授权的医疗器械认证范围；
——被授权的可进行的符合性评价程序；
——对已有证书的态度；
——费用；
——地点和工作语言
对于国内的医疗器械制造商来说，选择认证机构时应考虑那些在国际上有相当的知名度、并在同行业中为许多已认证的厂家所迭择的认证机构，如“ CE0029、CE0123”公告公司等，这样可以少走弯路。
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