以下是全案大事纪：
五月二十日，*卸任后，特侦组立即分案侦办机要费案，并将*列为被告。*也是台湾司法史上第一位卸任领导人被检方列为侦字案被告的案例。
七月二十四日，特侦组首度以被告身份讯问*，由于检察官低调进行，外界并不知悉。
八月十二日，*第二度到特侦组应讯，由委任律师李胜琛、洪贵参、顾立雄等三人陪同。
八月十五日，瑞士司法机关提供扁家海外密账，特侦组立即分案侦办*家庭疑洗钱案，并于当晚第三度传唤*说明。
八月十六日，特侦组搜索*位于台北市信义区的宝徕花园广场住处、*办公室、吴淑珍胞兄吴景茂台南住处等地，并访谈吴淑珍。检察官当天将*、吴淑珍、吴景茂、陈致中、黄睿靓列为被告，并将*、吴淑珍、吴景茂三人限制出境。
八月十八日，特侦组传唤吴景茂、陈俊英夫妇，陈俊英应讯时昏迷送医。检察官当天传唤前“调查局长”叶盛茂，查隐匿公文案，并将叶盛茂列为被告及境管。
八月二十日，李登辉秘书室主任苏志诚到特侦组作证，说明李登辉时代机要费支领情形。特侦组同日将叶盛茂隐匿公文案移交台北地检署侦办。
八月二十二日，特侦组检察官前往宝徕花园广场扁住处就讯吴淑珍。
八月二十五日，陈致中、黄睿靓夫妇上午自美返台，特侦组下午传唤两人到案，并将两人限制出境。
八月二十七日，“法务部”利用台北地检署主任检察官庆启人到新加坡参加会议的机会，向新加坡政府提出司法互助请求。
九月三日，特侦组第四度传唤*到案。
九月二十日，特侦组收到新加坡司法互助资料，包括吴景茂在瑞士信贷新加坡分行等五个账户的资金流向。
九月二十五日，特侦组二度搜索*住家、办公室等二十七处，将前“总统府”出纳陈镇慧列为贪污被告，并向法院声押获准，为本案第一位被羁押的被告。
十月二日，疑洗钱案，特侦组将吴淑珍友人蔡铭哲、蔡铭杰改列被告，并将蔡铭哲声押获准。
十月三日，机要费案，特侦组将前*办公室主任林德训改列贪污被告，并声押获准。
十月七日，特侦组声押吴景茂获准。
十月十五日，疑洗钱案，特侦组搜索升恒昌公司等据点，并传唤负责人江松溪等人到案，讯后饬回；南港展览馆案，检方声押前“内政部长”余政宪获准，原在押被告力麒建设负责人郭铨庆转污点证人，被检方饬回。
十月十七日，查企业汇款扁家人头账户，特侦组搜索中信、开发、元大三大金控等地，并将前兆丰金控董事长郑深池列为被告。
十月二十一日，南港展览馆弊案，特侦组将吴淑珍、余政宪、郭铨庆三人列为行、收贿罪的被告。
十月二十四日，查企业汇款案，特侦组以证人身份传唤中信金控董事长辜濂松说明。
十月二十八日，特侦组查龙潭土地开发案，搜索前新竹科学园区管理局局长李界木住处等地，并将李界木改列被告，声押获准。
十月三十日，查前“国安会秘书长”邱义仁涉侵占机密“外交”款项案，特侦组搜索邱义仁住处等地，并将邱义仁声押禁见获准。
十一月四日，特侦组侦办机要费案，自“监察院”获取新证据，将前*办公室主任马永成改列贪污被告，并声押禁见获准。
十一月六日，查SOGO案，特侦组搜索太平洋流通公司等处所。
十一月十一日，特侦组第五度传唤*到案，历经近六小时讯问后，检察官以*涉犯重罪，向法院声请羁押*。
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